Inkubatoren bieten ähnliche Leistungen für Startups wie Acceleratoren. Daher werden die Begriffe oft synonym verwendet oder ein Inkubator tritt auch als Accelerator auf. In der Medizin ist ein Inkubator ein Brutkasten, der die optimalen Bedingungen für das Heranwachsen eines Neugeborenen bietet. In der Startup-Welt verhilft ein Inkubator zu einer optimalen Umgebung für den Erfolg eines jungen Unternehmens.
Der Hauptunterschied zum Accelerator, dem Beschleuniger, liegt in der Dauer der Betreuung. Inkubatoren setzen auf eine langfristige Betreuung: Wie ein Neugeborenes wird eine neue Geschäftsidee behutsam gepflegt, bis sie ausgewachsen ist und alleine auf dem Markt bestehen kann. Acceleratoren hingegen setzten auf Geschwindigkeit und bieten relativ kurze Programme, in denen ein Startup sehr intensiv vorangetrieben wird. So schaffen es Startups in kürzester Zeit zu einem marktreifen Produkt. Für einen Accelerator muss man sich in der Regel bewerben, die Selektion ist besonders groß.
Während Acceleratoren meist Startups in den frühen Phasen unterstützen, sind Inkubatoren nicht auf eine Entwicklungsstufe festgelegt. Sie fördern auch ältere Startups, die sich schon in der Growth-Phase befinden.